События Crysis разворачиваются в недалёком будущем, на островах Лингшан в Филиппинском море. Согласно сюжету игры, эти острова уже не первый раз волнуют общественность конфликтами, развивающимися на своей территории. В игре рассказывается о новом лидере КНДР, который проводит экономические реформы и укрепляет свои позиции в Тихом океане. Объектом внимания становится серия небольших островных государств, которые сравнительно легко взять под контроль.